La comparación de Microsoft Windows y el sistema operativo de Linux es un tema común de la discusión entre sus usuarios. Windows es el sistema operativo más importante bajo una licencia propietaria de software, mientras que Linux es el sistema operativo más importante bajo una licencia libre de software. Sin embargo, la mayoría de los sitios de distribuciones de Linux también disponen de componentes propietarios (tales como los controladores compilados de blob binario, que proveen los fabricantes de hardware para su instalación normal).
Los dos sistemas operativos compiten por el usuario básico en el mercado de las computadoras personales así como el mercado de los servidores, y se utilizan en agencias del gobierno, escuelas, oficinas, hogares, servidores de intranet y de internet, supercomputadoras y sistemas integrados.
Linux y Windows varían en filosofía, costo, facilidad de uso, flexibilidad y estabilidad, aunque ambas buscan mejorar en sus áreas débiles. Las comparaciones de los dos tienden a reflejar los orígenes, la base histórica del usuario y el modelo de distribución de cada una.